Je m'explique, une note de resto de 30 euros (TTC), admettons de 5% de TVA, et une hotel de 150 euros (20% TVA), il faut facturer 30 + 150 euros (TTC) plus 20% de TVA.
Ca peut paraître un peu étrange, de refacturer de la TVA sur des frais déjà en TTC, mais ça marche comme ça (sinon c'est toi qui paye la TVA - on aura compris que la DGFIP est le grand gagnant en palpant deux fois la TVA.).
Donc, tu fais une facture à part pour tes frais, et dans ton cas il n' a pas de TVA sur le train mais tu dois ajouter 20%.