Mon expérience (pas en freelance) : J'ai bossé en Suisse sous contrat pour une petite mission. Les Impôts sont prélevés à la source toutefois, j'ai dû déclarer les ressources perçues et les impôts déjà prélevés.

Si le prélèvement à la source était inférieur au taux d'imposition français, j'aurais dû payer le complément en France (je ne me souviens plus si c'était le cas.